R package installation
Eksempel: tidyverse
Sådan installerer du en R pakke på din computer
1 Hvad er en R-pakke?
Standard installationen af R består af et sæt ‘kerne’ funktioner. I tillæg dertil er det muligt at installere en meget lang række af pakker med ekstra funktioner. Disse pakker udvikles både af firmaet bag RStudio (Posit), af andre firmaer, universiteter og af R brugerne … måske en dag vil du også udvikle og offentliggøre en R pakke?
Nogle af disse pakker er udviklet med et meget specifikt og snævert formål for øje – f.eks Steen Harsteds pakke til at håndtere motion capture data kaldet mocapr. Andre pakker er mere alment anvendelige og nogle af dem vil du stifte bekendtskab med i undervisningen. Det gælder f.eks:
- tidyverse – en meta-pakke der gør det nemmere at arbejde med R syntaksen – f.eks brugen af pipes.
- ggplot2 – en pakke til at konstruere grafer og plots
- ggpubr – en pakke som bygger på ggplot2 pakken med det formål at gøre det nemme at producere grafer som er klar til publikation
Der er et par tekniske ting du skal forstå ift R pakker:
1.1 Windows bøvl … RTools
For at kunne installere visse R pakker på Windows operativ systemer, kræves installation af programmet RTools. Du kan læse mere om RTools på (dette link)[https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools42/rtools.html] som inkluderer link til RTools installationsprogrammet og en mere udførlig vejledning.
Bemærk venligst, at der tidligere har været problemer med at installere RTools på SDU computere, det er derfor en god idé at tjekke om den kan installeres via SDU-ITs Software Center.
1.2 Versioner
R pakker kan være specifikke ift den underliggende R version – når der kommer en ny version af R kan det med andre ord tage lidt tid for pakke-udviklerne at opdatere deres pakker. Det er ikke altid en fordel at bruge den absolut nyeste version af R – specielt ikke hvis du også bruger nogle niché pakker.
1.3 Installation og indhentning af pakker
Hvis du vil bruge en R pakke skal den både installeres og indlæses før du kan bruge den.
- Når du installerer pakken, hentes den ned og gemmes lokalt på din computer.
- Når du indlæser pakker, læser du den ind i computerens hukommelse.
Først når pakken er indlæst i computerens hukommelse vil dens funktioner være tilgængelig for brug i din kode.
1.4 Der er flere måder at installere en pakke
Langt de fleste pakker du kan tænkes at få brug for er tilgængelige på internettet fra the Comprehensive R Archive Network – CRAN.
Skal du installere en sådan pakke kan du vælge at gøre det via RStudios grafiske brugerflade eller via en R kommando i konsollen. Umiddelbart vil vi anbefale at bruge konsollen da det kan give nogle nyttige informationer hvis installationen fejler.